События фантастической комедии «Люди в черном 3» развиваются в 60-х годах прошлого века. Лучшие агенты Джей и Кей продолжают сражаться с инопланетными монстрами и тем самым защищают Землю от разной мерзости в виде чудовищ. В это время из самой защищенной тюрьмы сбегает монстр по прозвищу Борис-животное, которого Кей упрятал за решетку еще в своей молодости. Освободившись из тюрьмы, Борис-животное отправляется на Землю и убивает Кейа.
В один миг прошлое полностью меняется, Джей единственный, кто помнит своего напарника, поскольку реальность становиться такой, что Кея убили еще в 1969-году. Джей должен переместиться в прошлое, чтобы найти и спасти жизнь своего будущего напарника. Главный герой попадает в Нью-Йорк 60-х годов, где к нему совсем другое отношение, там ему предстоит столкнуться с новыми трудностями, а именно убедить молодого Кея поверить в миссию и спасти ему жизнь.